Em Portugal a criação dos Estudos Gerais, ou Universidade, deve-se a el-rel D. Dinis que, em 12 de Novembro de 1288, reuniu em Montemor-o-Novo vários prelados os quais, atentos ao estado das relações entre o monarca e a Santa Sé, solicitaram por si o indulto apostólico para se fundar a Universidade.
Este pedido visa evitar que muitos jovens portugueses tenham de sair do seu pais para frequentar estudos superiores nas Universidades da Itália, França e Espanha. Somente em 9 de Agosto de 1290 chegou a bula da confirmação, depois de normalizadas as relações entre Portugal e a Santa sé.
O rei D. Dinis tornou pública a sua intenção de estabelecer em Lisboa um Estudo Geral.
O sítio escolhido foi, em Lisboa, a pedreira no bairro de Alfama, junto à porta da Cruz, ou da Moeda Velha. Ali se ensinavam Leis, Cânones, Gramática, Lógica e Medicina (música só mais tarde a partir de 1309).
Em 1308 transferiu-se a Universidade para a cidade de Coimbra por bula do papa Clemente V. Transferida por D. Afonso IV para Lisboa, em 1338, foi a Universidade mudada no mesmo reinado para Coimbra em 6 de Dezembro de 1354.
D. Fernando, em 3 de Junho de 1377, mudou-a para Lisboa, também para o sítio de Alfama, prometendo que ela havia de estar perpetuamente em Lisboa, sem que em nenhum tempo se mudasse para Coimbra, nem para outra parte do Reino. Em 1385, depois de aclamado rei corroborou tudo quanto prometera.
Depois de longos anos de paragens incertas, foi D. João III que, em 1537, chamando sábios estrangeiros, mudou definitivamente a Universidade para Coimbra, onde se tem conservado.
Retomando a sua fundação na Capital do Reino, D. Dinis tinha o plano feito da sua Universidade, e já interessara a Igreja do Reino por essa fundação, cujo proveito e cuja glória deviam reverter principalmente em favor dela, porque em primeiro lugar a Universidade, aqui co
mo em toda a parte, ficava sujeita a jurisdição eclesiástica; depois nessa época quem dizia estudioso, dizia clérigo, e a Universidade vinha a ser um viveiro de homens da igreja eruditos. Por isso não foi difícil a D. Dinis, convencer muitos abades e mosteiros e priores de igrejas a que concorressem com uma parte das suas rendas à sustentação da Universidade, e foram eles mesmo que dirigiram uma súplica ao Papa rogando-lhe que lhes permitisse alienar uma porção das rendas eclesiásticas para pagamento dos mestre da nova Universidade.
Foi aqui, neste conjunto de elementos a darem o seu contributo para o sustento da Universidade, que o reitor da Igreja de S. Leonardo de Atouguia tomou a responsabilidade perante o Rei de fazer tudo o que fosse possível e estivesse ao seu alcance a favor da manutenção da Universidade.
Logo que a Universidade foi transferida pela primeira vez para Coimbra, em 1308, foram anulados os subsídios dados pelos abades e reitores que se tinham proposto para isso; mas nesse ano o papa Clemente V concedeu a D. Dinis que anexasse à Universidade seis igrejas do padroado real, para que das suas rendas se provesse às despesas daquela instituição.
A Câmara Municipal de Atouguia, e mais tarde a de Peniche, ao abrigo da Lei, até possivelmente à criação do primeiro Ministério da Instrução Pública em 1870, deram o seu contributo, subsidiando aquela entidade. Passo a citar, em resumo, algumas notas das suas contribuições: ‘Ano de 1606 - 18 de Fevereiro - Para pagamento das despesas com trinta estudantes de medicina e cirurgia, mandados para Coimbra, por D. Sebastião e por Provisão desta data, coube à Vila de Atouguia, da Comarca de Leiria, contribuir com 20 mil réis”- (Vol. V - 1605/1615, Doc. 5).
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